При обновлении будет обновлена xmd, в котором мы вызываем своё Системное событие, и там этого вызова уже не будет, так как он был самописный

Событие - нет. А вот его вызов - с большой вероятностью.

Нет. Код, который запускает выполнение системного события.

А где собственно хранится программный код системных событий?

Лучше код, который будет выполняться при срабатывании кастомного Системного событии писать в Обработчик системных событий

тогда вопрос не совсем понятен - логика была выше