Пожалуйста, разграничиваейте доступы по динамическим группам и организациям и все. И так во всех процессах и шаблонах.

Уведомления разделять стандартные, если разный дизайн порталов и брендбук. А так все через узлы, сайты, дизайны разводите.

Мы писали в самом уведомлении условия в шаблоне, которое логин и пароль по правой кнопке из админки. В остальном по организациям все элементы выводите.

Если один на всех брендбук и дизайн, то еще проще и не нужно так заморачиваться с уведомлениями.

На 3 доменах у нас нормально работает.

Можно и сразу на организацию смотреть, это если более гибко нужно внутри организаций еще потом что-то. Ради одной организации можно и не добавлять.