Чистим bat - скриптом по расписанию. ТП вебсофта ответили, что можно чистить все файлы сразу, но перестраховались и сделали очистку файлов старше 1 дня.

понял я первоначально вручную можно очистить папку?

Да, можно

ну вообще там есть свои нюансы, например в папке Temp могут быть файлы для удаления программ, и без них после удаления могут встретиться ошибки, лучше с этим делом поближе познакомиться, либо к сис админам сходить